Поселения на территории современного города были уже в период неолита, в предместьях обнаружены поселения трипольской культуры, бронзового и железного веков, также найдены славянские археологические памятники начала нашей эры, когда здесь проживали тиверцы и белые хорваты.
Предполагают, что укрепленное поселение на левом берегу Прута, на месте нынешнего города Черновцы, в XII веке основал Галицкий князь Ярослав Осмомысл. Крепость с торгово-ремесленным поселением из-за черных деревянных стен, переложенных черноземом, называлась Черн, или Черный город.
В 1259 году крепость была разрушена татарскими завоевателями, но оставшиеся оборонительные валы продолжали использоваться для защиты, а в XVII веке к ним добавили несколько бастионов, один из которых сохранился до наших дней.
Из-за частых паводков на низком левом берегу Прута, был построен новый город на высоком правом берегу. После распада Галицко-Волынского княжества в средине XIV веке, Черновцы были в составе Венгрии, Польше, а в 1359 году город вошел в состав Молдавского княжества как прикордонный город на границе с Польшей.
Впервые в историческом документе Черновицы упоминаются 8 октября 1408 года - в грамоте молдавского господаря Александра Доброго, которую он выдал львовским купцам. Предполагают, что Черн-новицы – новое, заново отстроенное поселение Черн на новом месте.
Город располагался на пересечении торговых путей из северо-западной Европы на Балканы и Турцию, с 1457 года здесь проводились ярмарки и во времена Стефана Великого Черновцы были уже городом.
В 1488 году город Черновцы стал центром Черновицкого уезда, пользовался Магдебургским правом и подчинялся непосредственно воеводе. В XV-XVI веках Черновцы были торговым центром с ярмарками, которые проходили на левом берегу Прута, но со средины XVI века из-за постоянных войн начался упадок, в 1538 году город попал под власть Турции.
Город опустошался во время войн Молдавии с Польшей (1497, 1509, 1688 гг.), турками (1476 и 1714 гг.) и татарами (1626, 1646, 1650 и 1672 гг.)
В 1650 и 1653 годах в Черновцах побывали украинские казаки под предводительством Богдана Хмельницкого, а после Полтавской битвы (1709-1710 гг.) в городе впервые побывали российские войска, преследовавшие шведскую армию и части казаков гетмана Мазепы.
После опустошительного пребывания русских войск во время русско-турецкой войны в 1739 году, город Черновцы превратился в небольшое поселение, в 1762 году в нем проживало около 1,2 тыс. жителей, было около 200 деревянных домов.
