После вхождения Крыма в 1783 году в состав Российской империи, Гезлев получил новое имя – Евпаторий, а 8 февраля 1784 года был учрежден Евпаторийский уезд и город получил еще и статус уездного.
Свое новое имя город получил в честь понтийского царя Митридата VI Евпатора (132-63 гг. до н.э.), который не раз приходил на помощь Херсонесу и Керкинитиде, когда на них нападали скифы.
Евпатор – в переводе «рожденный благородным». Однако имя у города оказалось женским, в угоду царствовавшей тогда Екатерине II – «рожденная благородной». Также существует легенда, что императрица при выборе имени для Гезлева использовала сочетание «Евпатор и Я».
После присоединения Крыма к Российской империи, большинство турок и татар покинуло город. До средины XIX века Евпатория представляла собой небольшое селение, развивающееся как торговый порт юга России, экспортирующее в основном зерно в Грецию, Италию, Турцию и др., а его население насчитывало около 11 тыс. человек.
Во Время Крымской (Восточной) войны, 1 сентября 1854 года, ничем не защищенная, Евпатория была сдана коалиционным войскам Англии, Франции, Турции и Сардинии без единого выстрела. Сразу же город был поделен на турецкую, французскую и английскую части с назначением для каждой своего коменданта, к январю здесь были сосредоточены значительные силы, в основном турецкие.
Город основательно укрепился, многие жилые дома были превращены в крепости, вокруг города насыпали земляной вал, замененный в некоторых местах каменными стенами, а перед валом прорыли ров. На вооружении город-крепость имел 34 орудия, 5 ракетных станков и мог воспользоваться артиллерийской поддержкой 6-ти военных пароходов.
Однако в Петербурге решили выбить противника с Евпатории и 5 (17) февраля1855 года русские войска численностью 18 тыс. человек под командованием С.А.Хрулева предприняли попытку штурмом овладеть городом, который закончился трагично для русских - потери были велики, а Евпатория осталась по-прежнему в руках неприятеля.
Об этом событии Крымской (Восточной) войны в районе Евпатории напоминает памятник– 4-метровый обелиск, сооруженный три года спустя на месте захоронения погибших у стен Евпатории русских воинов, установленный на ул. 2-й Гвардейской армии. После окончания Крымской войны Евпатория оставалась уездным городом Таврической губернии с населением 6433 человека.
После отмены крепостного права в 1861 года, началось более быстрое развитие города, открылся кирпично-черепичный завод, чугунолитейный завод, увеличилась добыча камня-ракушечника в Мамайских каменоломнях, на евпаторийских промыслах добывалась треть крымской соли.
Отстраиваться и постепенно развиваться как курорт Евпатория начала после открытия целебных свойств грязей Мойнакского озера, которая для лечения широко начала использоваться в 1870-х годах. В 1884 году на территории бывшего карантина, на берегу появилось первое курортное заведение – военно-санитарная станция, филиал Симферопольского военного госпиталя.
Здесь продолжали лечение морскими и лиманными купаниями те, кто предварительно прошел курс лечения в Сакской военной грязелечебнице.
Врачи-предприниматели Цеценевский и Ходжаш, взяв в аренду озеро Мойнаки, 20 мая 1887 года на его берегу открыли первую в Евпатории частную грязелечебницу и купальню, где для лечения больных стали использовать рапу и грязи. Этот год принято считать годом официального начала грязелечения на евпаторийском курорте.
