В XIII веке город попал под влияние Золотой Орды, у которой в 1226 году феодосийские руины выкупили генуэзские купцы. Так во второй половине XIII века на руинах древнего города эллинов возник новый город, получивший название Кафа. Генуэзцы в течении двух столетий владели городом и сделали разноголосую Кафу административным, торговым и опорным пунктом своих крымских владений.
Опасаясь татарских набегов, они обнесли город мощными каменными стенами (толщиной 2,5 м и высотой до 12 м) и множеством башен, перед крепостными сооружениями был вырыт глубокий канал, возвели цитадель. Остатки этих крепостных сооружений сохранились до наших дней.
В средние века Кафа являлась основным торговым портом Северного Причерноморья, через который проходил Великий Шелковый путь, связывавший Запад и Восток. Через Кафу в Европу вывозилась пшеница, золото и драгоценности, восточные пряности и много других товаров.
В порту стояли сотни купеческих галер.
В этот период город переживал свой расцвет, в нем были сосредоточены конторы крупнейших мировых фирм, был свой монетный двор, где чеканились монеты, был театр и около 20 тыс. домов, более ста фонтанов, целая система дренажных колодцев, бассейнов, гротов, многие мастерские, лавки, базары, таверны, дворцы и храмы построенные лучшими мастерами итальянского Возрождения.
Вместе с тем город был известен как главный центр работорговли в Крыму, где на фоне всей этой роскоши продавались невольники из Московской Руси,
Волыни, Полесья, Галичины, Польши, ставшие живым товаром. Коренастые и крепкие работники покупались для работ, рослые и крепкие мужчины – для выгодной перепродажи в гвардию царей далеких стран, девушек покупали для гаремов, а женщин постарше – для работы в домах.
Город был многонациональный, население его составляло около 100 тыс. человек, из которых генуэзцы составляли только около 1 тыс. человек.
В городе слышался многоязычный говор десятков национальностей – здесь жили греки, итальянцы, армяне, евреи, украинцы, болгары, караимы, татары и многие другие. Отличался город религиозной пестротой и большим количеством культовых сооружений.
В первой половине XV века в нем насчитывалось14 католических храмов, несколько православных, 2 монастыря, более 40 армянских церквей, из которых 7 сохранились до наших дней, а также были синагоги и мусульманские мечети. Здесь проживали три епископа – римский, греческий и армянский.
