Впервые город Малин вспоминается в 891 году, который и считается годом его основания. В юго-восточной части территории города сохранились остатки древнерусского городища, основанного на рубеже VIII-IX веков, как укрепленного пункта восточнославянского племени древлян на восточных рубежах Древлянской земли. Особенно часто Малин вспоминается в летописной повести о восстании древлян против киевского князя Игоря в 945 году.
Название города связывают с именем князя Мала – легендарной личности времен Киевской Руси. Однако некоторые ученые считают, что название города происходит от имени дочери князя Мала Древлянского – Малуши, которая была взята в рабство княгиней Ольгой, но благодаря своему знатному происхождению, получила важную должность ключницы при киевском дворе. В древлянскую княжну Малушу влюбился сын Ольги - Святослав, а со временем у них родился сын – будущий князь киевский Владимир.
В 946 году поселение было разрушено во время карательного похода княгини Ольги, а поскольку географически находится на пути Киев – Искоростень, то попутно ее дружина сожгла Малин. Однако вскоре городище было восстановлено и продолжало выполнять свои функции крепости вплоть до XIII века, когда Малин был штурмом взят монгольскими ордами и сожжен.
Городище вновь поднялось из пепла и после распада Киевского Княжества, принадлежало Литовскому княжеству, а в 1569 году, после подписания Люблинской унии, Малин вошел в состав Речи Посполитой. В первой половине XVI века Малин принадлежал Графине Красицкой, позже - княгине Радзивилл и ее наследникам.
В 1648 году, в период Освободительной войны украинского народа, в городе вспыхнуло восстание и почти все жители вошли в состав ополчения армии Богдана Хмельницкого – это спасло Малин от штурма казаками, поскольку Житомир и Коростень как раз пострадали от казаков Хмельницкого.
Однако в результате Андрусовского мирного договора Малин снова попал под власть Польши и только после второго раздела Польши в 1793 году вошел в состав России, став в 1797 году став поселком Радомишльского уезда Киевской губернии, а в 1866 году Малин стал центром волости.
В 1873 году местную усадьбу приобрела Екатерина Семеновна Миклуха – мать известного российского путешественника, этнографа и ученого Николая Николаевича Миклухо-Маклая, который дважды приезжал в Малин.
Во второй половине XIX века в Малине начинает развиваться промышленность; в 1871 году была основана фабрика по производству бумаги; в 1902 году вблизи Малина прошла железная дорога Киев – Ковель, которая способствовала дальнейшему развитию города.
После установления Советской власти, в апреле 1932 года Малинский сельский совет был преобразован в городской; при образовании Житомирской области, в сентябре 1937 года Малинский район был включен в ее состав, а Малин в 1938 году был отнесен к категории городов районного подчинения.
Во время Великой Отечественной войны линия фронта подошла к Малину в начале июля. Бои за город начались 15 июля, оборона города длилась месяц; железнодорожная станция Малин четырежды переходила из рук в руки – от фашистов к советским войскам и обратно. Во время оккупации на территории города действовала подпольная организация. 12 ноября 1943 года Малин был освобожден от немецких фашистов.
В послевоенные годы были восстановлены и возобновили свою работу промышленные предприятия; уже в начале 1950-х годов продукция Малинской бумажной фабрики стала идти на экспорт. Также развивался Малинский опытно-экспериментальный завод, специализирующийся на производстве сельскохозяйственных машин; большим спросом пользовалась аппаратура связи, выпускаемая машиностроительным заводом; активно развивались швейная и мебельная фабрики, камнедробильный завод; славилась продукция овощесушильного завода.
